الهيئة العامة للجمارك والموانئ لها شخصية اعتبارية وموازنة تلحق بالموازنة العامة للدولة ، أنشئت بموجب المرسوم بقانون رقم 17 لسنة 2001 الصادر بتاريخ 1/8/2001 ، وقد باشرت الهيئة أعمالها بتاريخ 25/10/2001 ، ومقرها مدينة الدوحة .

وتهدف الهيئة إلى تطوير وتحسين مستوى الخدمات المقدمة في مرافق الجمارك والموانئ والنقل البري ، وتشغيلها وفقا لأفضل الأصول والمعايير.
 
 وأهم الأهداف التي تسعى الهيئة لتحققيها ، وهي التالية :
 مراقبة جميع أنواع البضائع الواردة للبلاد ، عن طريق البر أو البحر ، وذلك في المنافذ الجمركية للدولة.
 معاينة وتثمين وتخليص البضائع المصرح بإدخالها إلى البلاد وتحصيل الرسوم والضرائب عليها المستحقة عليها وفقا لإحكام التعرفة النافذة ، وتوريدها إلى الخزينة العامة للدولة .
 مراقبة البضائع المصدرة ، وإصدار التراخيص الخاصة بهذه البضائع ومراقبة استيراد وتصدير البضائع داخل الطرود البريدية. إصدار التصاريح الخاصة بالبضائع العابرة ( الترانزيت المباشر والغير مباشر) ومتابعة الإشراف عليها إلى أن يعاد تصديرها ، وتحصيل رسوم العبور المقررة قانوناً.
 إصدار التراخيص الخاصة بنظام الإدخال المؤقت للبضائع المستوردة بقصد إعادة تصنيعها أو استكمال صنعها وكذلك بالنسبة للسيارات والأصناف والبضائع الأخرى التي يجوز إدخالها إلى البلاد وفقاً لهذا النظام .
 اتخاذ جميع الإجراءات والتدابير الكفيلة بمنع التهريب الجمركي.
 إجراء الصلح في المخالفات الجمركية وجرائم التهريب الجمركي ، وفقا للقواعد المقررة قانونا.
 اتخاذ إجراءات الملاحقة الإدارية والقضائية بالنسبة للمخالفات الجمركية وجرائم التهريب الجمركي التي لا يتم التصالح فيها. 
 إدارة الموانئ والمرافئ والأرصفة والمنافذ البحرية المدنية ، والقيام بأعمال الإرشاد والقطر والرسو، وتنظيم حركة السفن بجميع أنواعها وأحجامها ، وعمليات شحن وتفريغ وتخزين البضائع ، وذلك فيما عدا الموانئ التي تستثنى بقرار من مجلس الوزراء.
 الرقابة على صناعة السفن والمنصات والمنشآت البحرية وفقاً للقواعد والمواصفات المعمول بها في هيئات التصنيف البحري الدولي.
 التحقيق بالتنسيق مع الجهات المختصة ، في الحوادث البحرية التي نقع السفن المدنية والتجارية في المياه الداخلية والبحر الإقليمي والمنطقة الاقتصادية الخالصة ، والسفن القطرية في الخارج والإشراف على الحطام البحري في المياة الداخلية والبحر الإقليمي والمنطقة الاقتصادية الخالصة . 
 التأكد من مطابقة حمولات السفن لما ورد بشأنها في سندات الشحن وغيرها من الأوراق والمستندات.
 اقتراح أسعار وتعرفة النقل والشحن البحري والبري ، واقتراح وتحصيل الأجور والرسوم المستحقة عن جميع الخدمات التي تقدمها الهيئة.
 الرقابة على الشركات الوطنية العاملة في مجالات الملاحة والنقل البحري ووكالات النقل والخدمات البحرية .
 وضع الشروط الواجب توافرها في وسائل النقل المستخدمة في ممارسة الأنشطة المرخص بها بالتنسيق مع الجهات المختصة.
 تمثيل الدولة في الاجتماعات والمؤتمرات وجميع الأنشطة التي تقوم بها المنظمات الدولية في المسائل المتعلقة بنشاطها.
 ولقد ترتب على إشهار الهيئة العامة للجمارك والموانئ العديد من الإنجازات ، بفضل الجهود المكثفة والعمل المتواصل من قبل القائمين على الصرح الكبير، فقد عكف مجلس الإدارة بجميع أعضائه على دراسة مراحل التطوير والارتقاء بنظم العمل، التي من شأنها رفع مستوى الكفاءات والقدرة في جميع أقسام ومراكز الهيئة . 
 وعلى أرض الواقع تضم الهيئة 15 إدارة تعمل جميعها وفق أنظمة آلية حديثة من خلال شبة الكترونية ، إلى جانب التعاون الدائم مع الوزارات والهيئات والمؤسسات الحكومية ، وذلك في سبيل خدمة الموطن والمواطن والمقيم وكذلك التجار والمتعاملون مع الهيئة .
 إضافة إلى التجاوب مع دول مجلس التعاون من خلال الاتحاد الجمركي بجميع مراحله والذي أصبح واقعا ملموسا ونموذجا طيبا لمستقبل هذه المنطقة .
 كذلك ، فقد أصبحت الهيئة صرحا مستقلا قائما بذاته ، وقد ترتب على ذلك تطبيق الهيكل التنظيمي الجديد الخاص بالأقسام التابعة لإدارتها ، حيث أصبحت كل إدارة تتكون من مجموعة أقسام ووحدات تعمل جميعا في إطار الخطة التي طرحها مجلس الإدارة مما أكسب المستوى العام للعمل تطورا ملحوظا.