تختص إدارة الشؤون الجمركية بإدارة تنفيذ اللوائح والأنظمة الجمركية بجميع الدوائر الجمركية ومراقبة تطبيقها بشكل سليم ، وبوجه خاص مايلي :-
إعداد قاعدة بيانات خاصة بالقيمة الجمركية للبضائع المختلفة والعمل على تحديثها وتعميميها على الدوائر الجمركية وإجراء الدراسات والأبحاث المتعلقة بها وفق الاتفاقيات الدولية.
تحديد منشأ البضائع المستوردة وفقا للقوانين والأنظمة المعمول بها. إعداد الشروط الإضافية والشروط التطبيقية للتعرفة الجمركية والمشاركة في إعداد التعديلات على نسب الرسوم الجمركية.
متابعة التعديلات التي تطرأ على النظام النسق والتفسيرات الصادرة عن منظمة الجمارك العالمية.
تطبيق القواعد والإجراءات المتعلقة بالترخيص الخاص بالمخلصين الجمركيين وتحديد احتياجات الدوائر الجمركية من المخلصين ومتابعة جميع الشؤون التنظيمية والمالية المتعلقة بهم.
متابعة الإجراءات المتعلقة بإدخال البضائع المستوردة إلى الدولة وفق أحد أوضاع تعليق الرسوم وإعادة تصديرها ، وإجراءات بيع البضائع بالمزاد العلني.
الإشراف على المناطق ولأسواق الحرة والمستودعات واقتراح الشروط الواجب توافرها عند إدخال البضائع إليها وإخراجها منها.
اتخاذ الإجراءات والتدابير اللازمة لتطبيق الأنظمة والتوصيات الصادرة عن المنظمات الدولية والعربية والإقليمية المختصة بشؤون الجمارك والتي تكون الدولة عضوا فيها.
اقتراح تعديل الأنظمة واللوائح والإجراءات الجمركية المعمول بها, بما من شأنه تسهيل وتطوير الخدمات الجمركية المقدمة وبما يتوافق مع الاتفاقيات والمعاهدات الدولية التي تكون الدولة طرفا فيها.
مسك سجلات منتظمة خاصة بالجهات والبضائع المعفاة من الرسوم الجمركية والرسوم والضرائب الأخرى بموجب القوانين والأنظمة المعمول بها