تختص إدارة جمارك الشحن الجوي بما يلي: 

1.  مراقبة حركة البضائع الواردة والصادرة عن طريق دائرة جمرك الشحن الجوي والدوائر الجمركية الجوية الأخرى. 
2.  مراقبة حركة البضائع والمسافرين في الدوائر الجمركية بالمنافذ الجوية التي تتواجد فيها قواعد عسكرية، واتخاذ الإجراءات بشأنها وفقاً لأحكام القوانين والقرارات المنظمة في هذا الشأن. 
3.  مراقبة حركة الرسائل والطرود البريدية الواردة عن طريق المنافذ الجوية وشركات النقل الجوي السريع. 
4.  القيام بتفتيش ومعاينة وسائط النقل والبضائع والأشخاص وفقاً للضوابط والإجراءات المنصوص عليها في التشريعات المنظمة لذلك. 
5.  تطبيق التشريعات المتعلقة بمنع أو تقييد دخول بعض أنواع البضائع إلى الدولة أو خروجها منها. 
6.  استقبال المعاملات الجمركية الخاصة بالتخليص على البضائع المسموح بدخولها إلى البلاد، وإتمام الإجراءات الجمركية بشأنها من معاينة وتحديد القيمة الجمركية وتحصيل الرسوم الجمركية والرسوم والضرائب الأخرى المستحقة عليها والمرخص للهيئة تحصيلها بموجب التشريعات، وتوريدها في الحساب المُخصص لذلك. 
7.  الإشراف على تخزين البضائع سواء المتروكة أو المحجوزة في المخازن الجمركية، ومتابعة اتخاذ الإجراءات القانونية بشأنها بعد انتهاء مدة الحفظ القانونية. 
8. الإشراف على إيداع وإخراج البضائع في المناطق الحرة والمستودعات والأسواق الحرة. 
9.  مكافحة الجرائم الجمركية والتهرب الضريبي المتعلق بالبضائع المستوردة والمصدرة، وكذلك الأنشطة التجارية غير المشروعة، بما في ذلك ضبط البضائع محل الجريمة وحجزها، تمهيداً لاتخاذ الإجراءات القانونية بشأنها. 
10.  مراقبة حركة البضائع ووسائل النقل العابرة (الترانزيت) وتحصيل الرسوم المستحقة عليها، ومتابعتها لحين خروجها من البلاد وتسديد القيود. 
11.  قيد البيانات الخاصة بإدخال البضائع إلى الدولة، وفق وضع الإدخال المؤقت للأغراض المختلفة، ومتابعتها لحين إعادة تصديرها بعد انتهاء المدة القانونية. 
12.  مراقبة انتقال العملات أو الأدوات المالية القابلة للتداول لحاملها أو المعادن النفيسة أو الأحجار الكريمة، ومكافحة جرائم غسل الأموال وتمويل الإرهاب، وفق الأنظمة المعمول بها في الدولة والاتفاقيات والمعاهدات الدولية ذات الصلة. 
13.  تطبيق التشريعات والقرارات التنفيذية بشأن التدابير الحدودية الواجب اتخاذها على المنافذ الجمركية لحماية حقوق الملكية الفكرية المتصلة بالبضائع من الانتهاك والقرصنة، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية بالهيئة.