تختص إدارة مكافحة التهريب والممارسات الضارة بالتجارة ما يلي:
- اقتراح استراتيجية الهيئة في مكافحة الجرائم الجمركية وغيرها من الجرائم المتعلقة بالبضائع المستوردة والمصدرة، والتي تدخل في اختصاص الهيئة، ورفعها إلى الرئيس لإقرارها.
- مكافحة الجرائم الجمركية وغيرها من الجرائم المرتبطة بها، بما في ذلك تحرير محضر ضبط للبضائع محل الجريمة وحجزها، داخل الدوائر الجمركية وخارجها، وفق أحكام القانون.
- إدارة نظام الاستخبار والتحري الجمركي بالهيئة، والتعاون مع الجهات الوطنية المختصة وكذلك الجهات الدولية لتبادل المعلومات عن جرائم تهريب البضائع الممنوعة والخطرة، بهدف منع وقوع الجريمة، ورفع كفاءة التحري عن الجرائم بعد وقوعها.
- تسيير دوريات جمركية على امتداد أراضي الدولة، وتنفيذ جولات تفقدية في جميع الأماكن الخاضعة للرقابة الجمركية للتحري عن أي بضاعة مُهربة، وفق أحكام القانون.
- تنفيذ جولات تفتيشية على الدوائر الجمركية للتأكد من حُسن سير العمل، ومعاينة وتفتيش أي بضاعة أو واسطة نقل أو شخص بصورة انتقائية أو عشوائية بعد إنهاء الإجراءات الجمركية العادية بصددها.
- الاطلاع على الأوراق والمستندات والسجلات والمراسلات والعقود التجارية والوثائق أياً كان نوعها، والمتعلقة بالعمليات الجمركية، والتحفظ عليها عند وجود شبهة مخالفة أو جريمة تهريب جمركي، أو جريمة تهرب ضريبي متعلقة بالبضائع المستوردة والمصدرة.
- الإشراف على تطبيق نظام مراقبة النقل المادي للعملات أو الأدوات المالية القابلة للتداول لحملها أو المعادن النفيسة أو الأحجار الكريمة ومكافحة جرائم غسل الأموال وتمويل الإرهاب، والتنسيق في هذا الشأن مع الجهات المختصة.
- الإشراف على تطبيق التدابير الحدودية لحماية حقوق الملكية الفكرية عن طريق منع إدخال البضائع المُقلدة أو التي تنطوي على انتهاك لحقوق الملكية الفكرية، وفق أحكام التشريعات المعمول بها.