​​

تختص إدارة الإعفاءات والأوضاع المعلقة للرسوم بما يلي: 

1.  الإشراف على تطبيق التشريعات التي تقرر إعفاءات لجهات معينة، واستلام وإعداد المخاطبات المتعلقة بها. 
2.  اقتراح الشروط الواجب توافرها لمنع الإعفاء، وتحديد المستندات المطلوب تقديمها للحصول على الإعفاء. 
3.  تحديد متطلبات الهيئة من مرافق وطرق وساحات للمراقبة الجمركية في مشاريع إقامة مناطق أو أسواق حرة. 
4.  وضع الأسس والقواعد المتعلقة بإدخال البضائع إلى المناطق والأسواق الحرة وإخراجها منها ونقلها من منطقة إلى أخرى أو من سوق إلى أخرى. 
5.  اقتراح التعليمات والقرارات المتعلقة بوضع الإدخال المؤقت وفقاً لأحكام القانون والاتفاقيات الدولية ذات العلاقة. 
6.  تلقي ودراسة طلبات المستوردين للاستيراد بنظام الإدخال المؤقت، واتخاذ الإجراء المناسب بشأنها. 
7.  تلقي ودراسة طلبات الاستيراد بقصد إعادة التصدير.
8.  تلقي ودراسة طلبات التصدير المؤقت، واتخاذ الإجراء المناسب بشأنها. 
9.  اقتراح الأسس والقواعد والضوابط المتعلقة بترخيص المستودعات كأحد الأوضاع المعلقة للرسوم الجمركية. 
10. تلقي ودراسة طلبات ترخيص إقامة مستودعات جمركية، وفق الإجراءات المُتبعة بذلك، ورفع التوصيات بشأنها. 
11. - اقتراح التعليمات والقرارات المتعلقة بالبضائع العابرة "الترانزيت" عبر أراضي الدولة وفقاً لأحكام القانون والاتفاقيات الدولية ذات العلاقة. 
12.  دراسة الطلبات المقدمة بخصوص تسيير البضائع على الطرق المعينة وفق وضع الترانزيت ورفع التوصيات بشأنها.