تختص إدارة نظم المعلومات بما يلي:
- إعداد خطط وسياسات استخدام نظم المعلومات في أنشطة الهيئة، ومتابعة تنفيذها.
- برمجة وحفظ واسترجاع وتطوير نظم المعلومات والبيانات اللازمة لأنشطة الهيئة.
- إعداد وتصميم وتنفيذ نظام أمن المعلومات وخطة مواجهة الأزمات والحوادث الإلكترونية والكوارث، وحماية وتأمين الأنظمة والأجهزة والتطبيقات والشبكات والبرمجيات والبنية التحتية لنظم المعلومات.
- إعداد خطط التعافي من آثار الحوادث الإلكترونية حال وقوعها، أو تقليل حدوثها أو تصعيدهما، وفق السياسات والمبادئ التوجيهية لأمن المعلومات، بالتنسيق مع الجهة المختصة.
- توفير وصيانة الأجهزة والبرامج والشبكات الإلكترونية اللازمة لنظم العمل الآلية بالهيئة، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية.
- تصميم وتشغيل وإدارة قواعد البيانات والمعلومات بأنواعها المختلفة.
- تقديم الدعم الفني اللازم لمستخدمي الشبكات الإلكترونية بالهيئة، وتدريبهم على استخدام الأنظمة والبرامج وأجهزة الحاسب الآلي وملحقاتها.
- إنشاء ومتابعة وتحديث موقع الهيئة على شبكة المعلومات الدولية.
- وضع المواصفات الفنية وصيانة وتشغيل وتدريب العاملين على أجهزة الفحص بالأشعة السينية (X-Ray) وأجهزة المراقبة والسيطرة الأمنية في المواقع الجمركية المختلفة والمنافذ الرئيسية.
- الإشراف على الأجهزة الفنية والاتصالات التي تمثل أجهزة المراقبة التلفزيونية وأجهزة الاتصالات السلكية واللاسلكية بين الدوائر الجمركية ومراكزها المختلفة.
- متابعة الشؤون الفنية والتقنية مع الجهات الحكومية المتخصصة بالأعمال الأمنية أو الاتصالات ومتطلبات كل منها.