تختص إدارة نظم المعلومات بما يلي: 

1.  إعداد خطط وسياسات استخدام نظم المعلومات في أنشطة الهيئة، ومتابعة تنفيذها. 
2.  برمجة وحفظ واسترجاع وتطوير نظم المعلومات والبيانات اللازمة لأنشطة الهيئة. 
3.  إعداد وتصميم وتنفيذ نظام أمن المعلومات وخطة مواجهة الأزمات والحوادث الإلكترونية والكوارث، وحماية وتأمين الأنظمة والأجهزة والتطبيقات والشبكات والبرمجيات والبنية التحتية لنظم المعلومات. 
4. إعداد خطط التعافي من آثار الحوادث الإلكترونية حال وقوعها، أو تقليل حدوثها أو تصعيدهما، وفق السياسات والمبادئ التوجيهية لأمن المعلومات، بالتنسيق مع الجهة المختصة. 
5.  توفير وصيانة الأجهزة والبرامج والشبكات الإلكترونية اللازمة لنظم العمل الآلية بالهيئة، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية. 
6. تصميم وتشغيل وإدارة قواعد البيانات والمعلومات بأنواعها المختلفة. 
7.  تقديم الدعم الفني اللازم لمستخدمي الشبكات الإلكترونية بالهيئة، وتدريبهم على استخدام الأنظمة والبرامج وأجهزة الحاسب الآلي وملحقاتها. 
8.  إنشاء ومتابعة وتحديث موقع الهيئة على شبكة المعلومات الدولية. 
9.  وضع المواصفات الفنية وصيانة وتشغيل وتدريب العاملين على أجهزة الفحص بالأشعة السينية (X-Ray) وأجهزة المراقبة والسيطرة الأمنية في المواقع الجمركية المختلفة والمنافذ الرئيسية. 
10. الإشراف على الأجهزة الفنية والاتصالات التي تمثل أجهزة المراقبة التلفزيونية وأجهزة الاتصالات السلكية واللاسلكية بين الدوائر الجمركية ومراكزها المختلفة. 
11. متابعة الشؤون الفنية والتقنية مع الجهات الحكومية المتخصصة بالأعمال الأمنية أو الاتصالات ومتطلبات كل منها.