تختص إدارة التدقيق الداخلي بما يلي: 

1. إعداد مشروع خطة التدقيق السنوية المبنية على المخاطر للهيئة، ورفعها للرئيس لاعتمادها، وإعداد تقارير بنتائج التدقيق. 
2. مراقبة مدى الالتزام بتنفيذ القوانين واللوائح والقرارات المنظمة للعمل بالهيئة. 
3. مراجعة التعليمات المالية، واقتراح ما يلزم لها من تعديلات، ومراقبة تنفيذها. 
4. مراقبة الأعمال المالية والمحاسبية وسندات الصرف وإجراءات القيد في السجلات المحاسبية، والتأكد من تطبيق القواعد المعتمدة في هذا الشأن. 
5. مراقبة الأعمال الإدارية وإجراءات تعيين الموظفين، وإجازاتهم، وترقياتهم، وغير ذلك مما يتعلق بشؤون الموظفين، والتحقق من الالتزام بالقوانين واللوائح والقرارات المنظمة لذلك. 
6. تقييم المخاطر المتعلقة بالتدقيق المالي والإداري، واقتراح إجراءات الحد منها. 
7. متابعة الإجراءات التصحيحية المطلوبة من الوحدات الإدارية المعنية، وفق نتائج التدقيق، وإعداد التقارير الدورية بشأنها.
8. التأكد من سلامة الأموال والعهد والأثاث والأدوات والمباني والموجودات الأخرى التي تملكها الهيئة أو تخضع لإشرافها. 
9. الاشتراك في أعمال الجرد الدوري والمفاجئ على المخازن والعهد والتأكد من دقة التسجيل بالدفاتر وسلامة الإجراءات المطبقة. 
10. مراقبة التزام الموظفين بالزي الرسمي، والتدقيق في المخالفات المالية والإدارية التي يتم اكتشافها، وإعداد تقارير بنتائج التدقيق بشأنها.
11. متابعة نتائج تقارير الجهات الرقابية، وإبداء التوصيات المناسبة بشأنها.