تختص إدارة التعاون الدولي بما يلي:
1- إعداد أوراق العمل المتعلقة بالمؤتمرات والندوات والاجتماعات المحلية والإقليمية والدولية، فيما يخص نشاط الهيئة، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية والجهات المختصة.
2- الإعداد لحضور المؤتمرات والاجتماعات التي تعقدها المنظمات والهيئات الإقليمية والدولية المختصة بقضايا الهيئة، التي تشارك الدولة في عضويتها.
3- إعداد التقارير والردود التي تطلبها المنظمات والهيئات الإقليمية والدولية، فيما يخص نشاط الهيئة، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المختصة.
4- دراسة ومتابعة تنفيذ توصيات المنظمات والهيئات الإقليمية والدولية، فيما يخص مجالات عمل الهيئة، بالتنسيق مع الجهات المختصة بالدولة.
5- إعداد التقارير اللازمة بشأن إسهامات المنظمات والهيئات الإقليمية والدولية في تنمية وتدعيم الأنشطة المختلفة في مجالات عمل الهيئة، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
6- متابعة سداد المساهمات المالية للدولة في المنظمات المعنية بمجالات عمل الهيئة، والتي تكون الدولة عضواً فيها، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
7- دراسة السبل الكفيلة بتفعيل دور الدولة للتعاون في مجالات عمل الهيئة مع المنظمات العربية والإقليمية والدولية.
8- جمع المعلومات والبحوث الصادرة عن المنظمات والهيئات ذات الصلة بالجمارك محليا وإقليمياً ودولياً، ونشرها بغرض الاستفادة منها.
9- ترجمة الوثائق والكتب والبحوث العلمية والمكاتبات الأجنبية المتعلقة بمجالات عمل الهيئة.