تختص إدارة الشؤون القانونية بما يلي:
- بحث ودراسة ومتابعة المسائل القانونية الخاصة بنشاط الهيئة، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية.
- إعداد مشروعات الأدوات التشريعية الخاصة بالهيئة، وإبداء الرأي في مشروعات الأدوات التشريعية التي تُحال إليها.
- إبداء الرأي القانوني في الموضوعات التي تُحال إليها.
- إعداد مشروعات العقود والاتفاقيات ومذكرات التفاهم المتعلقة باختصاصات الهيئة، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية.
- التحقيق في الوقائع والمخالفات المنسوبة لموظفي الهيئة، وإعداد المذكرات اللازمة بنتائج التحقيق مشفوعة بالرأي القانوني والتوصيات، وعرضها على السلطة المختصة، ومتابعة تنفيذ ما يتخذ من قرارات بشأنها.
- إجراء التحقيقات اللازمة في المخالفات المنسوبة إلى المخلّصين الجمركيين ومندوبيهم، وفي جرائم التهريب والمخالفات الجمركية.
- متابعة المنازعات والقضايا التي تكون الهيئة طرفاً فيها، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
- اتخاذ الإجراءات القانونية في الجرائم الجمركية وغيرها من الجرائم المتعلقة بالبضائع المستوردة والمصدرة، وذلك وفق أحكام القانون.