يختص مركز المراقبة والسيطرة بما يلي:
- متابعة سير العمل بالدوائر الجمركية من خلال أنظمة المراقبة الإلكترونية وأنظمة الاتصالات اللاسلكية وأنظمة التقارير الذكية ونظام التخليص الجمركي، وإعداد التقارير بشأنها.
- المتابعة والمراقبة الإلكترونية للحركات غير الاعتيادية للأفراد والبضائع ووسائل النقل داخل المرافق الجمركية، وإبلاغ الوحدة الإدارية المختصة في هذا الشأن.
- متابعة الأداء من خلال الأنظمة الإلكترونية وصور أجهزة الأشعة للتحقق من كفاءة عمليات التفتيش والمعاينة في الدوائر الجمركية.
- إدارة نظام التتبع الإلكتروني للشحنات ووسائل النقل العابرة بطريق الترانزيت حتى وصولها لوجهتها النهائية، وكذلك عمليات التسليم المراقب.
- تلقي البلاغات من خلال أنظمة الاتصالات، والاستجابة والمتابعة للحالات الطارئة، بالتنسيق مع الجهات الأمنية والجهات ذات العلاقة.
- الإبلاغ والتنسيق مع الإدارات الجمركية والجهات ذات العلاقة في حالات التكدس أو تعطل الأنظمة في الدوائر الجمركية، واتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنها.