تختص إدارة العمليات والمخاطر الجمركية بما يلي: 

1. إدارة وتشغيل نظام التخليص الجمركي، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية. 
2.  تحديد المخاطر الجمركية، ودراستها وتحليلها، واتخاذ الإجراءات اللازمة لترصدها والوقاية منها. 
3. وضع معايير عامة للمخاطر وفق أفضل الممارسات العالمية لمنع دخول المواد الخطرة، وسرعة إنهاء الإجراءات الجمركية على البضائع، وفق معايير الانتقائية ونظام المسارب الجمركي. 
4. زيادة الوعي لدى كافة المتعاملين بضرورة الالتزام بالأنظمة والقوانين والتعليمات. 
5.  تحقيق التوازن بين التسهيل والالتزام، مع تقديم التسهيلات الجمركية المناسبة للشركات والمؤسسات الملتزمة بالإجراءات الجمركية وفق برنامج "المشغل الاقتصادي المعتمد". 
6.  تفعيل وتوطيد الشراكة والتواصل بين الهيئة والقطاعين الحكومي والخاص. 
7.  تنفيذ عملية التدقيق اللاحق على البيانات الجمركية بعد الإفراج عن البضائع من قبل الدوائر الجمركية، وإعداد تقارير بأي نقص في المقدار المحصل من الرسوم الجمركية والرسوم والضرائب الأخرى المُرخص للهيئة تحصيلها، وكذلك أي جرائم مرتكبة بالمخالفة لأحكام القانون.