تختص إدارة التخطيط والجودة والابتكار بما يلي: 

1.  إعداد الخطة الاستراتيجية العامة للهيئة، بالتنسيق مع الجهات المختصة والوحدات الإدارية المعنية، واتخاذ إجراءات اعتمادها. 
2. حصر التحديات القائمة، وتحديد وتقييم المخاطر المؤسسية المتوقع حدوثها، والتي قد تؤثر على تحقيق أهداف الهيئة، وتقديم المقترحات بشأنها، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية. 
3.  إدارة وتجهيز خطط بديلة تضمن استمرارية تشغيل الأعمال بالهيئة في حالات الطوارئ والأزمات، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المختلفة والجهات المختصة.
4.  رفع مشروعات الخطط التنفيذية والمشاريع والبرامج الخاصة بالوحدات الإدارية المختلفة، للاعتماد من قبل الرئيس. 
5.  متابعة تنفيذ الخطط المتعلقة بأنشطة الهيئة، وتقييم نتائجها، ورفع تقارير دورية بشأنها.
6. دراسة المشاكل والمعوقات التي تواجه تنفيذ الخطة الاستراتيجية والخطط التنفيذية، واقتراح الحلول المناسبة بشأنها.
7.  تقييم جودة الخدمات المقدمة من الوحدات الإدارية، بالتنسيق مع الجهة المختصة، ووضع مقترحات لرفع الكفاءة العامة بها. 
8.  مراجعة وتقييم جودة الأداء على مستوى الوحدات الإدارية، ووضع مقترحات لرفع الكفاءة العامة بها. 
9. التحقق من انسجام نظم وأساليب العمل مع اختصاصات وأهداف الهيئة، واقتراح خطط تطوير تلك النظم والأساليب، وتبسيط الإجراءات، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية والجهة المختصة. 
10.  دراسة مشاكل ومعوقات العمل بالهيئة، وبحث أسبابها، واقتراح الحلول المناسبة لها. 
11.  تلقي المبادرات والمقترحات والأفكار الإبداعية، ودراستها بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية والجهة المختصة. 
12. رصد وتجميع وتحليل البيانات الإحصائية الخاصة بأنشطة الهيئة، والتنسيق مع الوحدات الإدارية المختصة بشأن التقارير الإحصائية المطلوبة من الهيئة. 
13.  التنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية والجهة المختصة فيما يتعلق بالمؤشرات الدولية المتعلقة بأنشطة واختصاصات الهيئة.